Материалы музея являются неисчерпаемым источником для работы ученых, врачей, студентов. На их основании подготовлено немало научных трудов. Документы музея использованы в хроникальных, документальных и художественных фильмах. Значительное число научных работ подготовили также сотрудники музея. Только за последние пять лет было опубликовано 43 научных труда и публикации, в том числе 3 издания путеводителя, книга "Золотая осень Н.И. Пирогова", посвященная жизни и деятельности ученого в усадьбе Вишня. Кроме того, в библиотеке музея сохраняется более 7 тысяч книг и журналов, повествующих о жизни и деятельности ученого.
Музей является учебной базой Винницкого медицинского университета. Здесь проводятся занятия по истории медицины, заседания студенческих научных кружков.
Вместе с МЗ Украины, Винницким национальным медицинским университетом, областным управлением здравоохранения музей был одним из организаторов проведения в Виннице значительных научных форумов, посвященных памяти Н.И. Пирогова, среди которых – выездная сессия Академии медицинских наук, съезды, научные конференции, Пироговские чтения.
Учитывая большой вклад Н.И. Пирогова в мировую и отечественную науку, а также значительную роль музея в изучении и сохранении истории Украины, Указом Президента Украины музею-усадьбе Н.И. Пирогова 10 июня 1997 г. присвоен статус Национального.
