В этот период в ботаническом саду проводится большие работы по укреплению материальной базы. Восстановлено более 1500 м теплиц, осуществлено централизованное теплоснабжение обеих территорий взамен 6-ти котельных на твердом топливе, построена ТП, реконструирована система электроснабжения (каблирование), проведена телефонизация обеих территорий, заменен водопровод на старой территории, устроено твердое покрытие садовых дорог, капитально отремонтированы теплицы с заменой деревянных конструкций на металлические. Приобретены сельскохозяйственные орудия. Заменены старые каменные заборы на современные из металлоконструкций длинной более 1000 м погонных. Во всех этих работах принимал самое активное участие зам. директора Гушер В.А. Несмотря на тяжелое положение в переходный период, ботаническому саду удалось сохранить коллектив, усилиями которого продолжает выполняться научно- исследовательская работа и пополняются коллекции.
В настоящее время структура ботанического сада состоит из трех секторов и производственного отдела:
Сектор интродукции растений (зав. сект.Азарова Л.В.);
Сектор цветоводства ( зав. сект. Возианова Н.Г.);
Сектор защиты растений (научн. Руководитель проф. Слюсаренко А.Н., зав. сект. Петрушенко В.В.)
Производственный отдел (зав. отделом Гушер В.А.)
В настоящее время выполняется научно-исследовательская тема: "Обогатить региональную флору новыми декоративными, лекарственными и эфиромасличными интродуцентами: изучить их биологию в условиях ботанического сада и усовершенствовать способы ускоренного размножения".
В результате проведенных исследований будут разработаны технологии выращивания и размножения декоративных, лекарственных и эфиромасличных растений и внедрение этих разработок в производство и озеленение г. Одессы и региона Северо-западного Причерноморья.