Однако постоянная опасность нашествий завоевателей, пограничное положение монастыря, не мешали расцвету духовной жизни обители. Бывший в 1621-27 годах настоятелем Псково-Печерского монастыря архимандрит Иоасаф в 1630 году был избран Патриархом Московским и всея Руси.

В 1701 году по велению Петра I Псково-Печерский монастырь был обнесен земляным валом, за валом был устроен глубокий ров. На важнейших пунктах были устроены 5 земляных бастионов. Монастырские стены выдержали напор шведов 13 февраля 1703 года.

Псково-Печерский монастырь имел подворья: в Пскове на Усохе, устроенное игуменом Корнилием (сохранилась церковь иконы Божией Матери «Одигитрии»); в селе Лозоговичи, где была построена деревянная церковь Сретения Богоматери и устроен приезжий монастырский двор.

По духовным штатам 1764 года Псково-Печерский монастырь был положен во 2-ой класс. К концу XVIII века за монастырем было 4 огорода (8 десятин) близ монастыря, 24 десятины сенокосной земли, полученной по размежеванию 1784 года, 17 десятин земли при селе Логозовичи, мельница на реке Бехе, 8 мест рыбной ловли. Кроме этого действовали два монастырских подворья: во Пскове на Усохе и в селе Логозовичи в 12 верстах от Пскова.

Именным указом Государя Императора Александра I от 15 января 1813 года монастырь был возведен в 1-й класс. Монастырю положено жалования 1131 руб. 61 коп. серебром в год.

В начале XX века в Псково-Печерском монастыре было 24 монаха, 13 послушников, монастырю принадлежало 243 десятины земли.

2 февраля 1920 года по мирному договору Печоры и Изборск отошли к Эстонии.

В 1919-22 годах Псково-Печерскую обитель значительно оградили в имущественных правах на недвижимость, особенно в отношении земельных владений.

Несмотря на тяжелое положение монастыря в буржуазной Эстонии, в этот период были проведены значительные реставрационные работы. Они были связаны с именем Леонида Зурова – секретаря известного писателя Ивана Бунина, автора книги «Отчина» (об истории Пскова и Псково-Печерского монастыря).

6 августа 1940 года Эстонская республика вошла в состав СССР.

В 1944 году, отступая, захватчики разорили монастырскую ризницу и большую ее часть (более 500 предметов древнерусского искусства) вывезли через Ригу в Германию. В результате военных действий были разрушены или сильно пострадали многие монастырские здания. Имеются свидетельства, что в годы войны наместник монастыря игумен Павел (Горшков; 1867-1945) и братия тайно помогали местным партизанам. Монастырь помогал продуктами советским военнопленным.

После освобождения Печор от захватчиков отец Павел Горшков был арестован и через несколько месяцев умер в заключении. Вместе с ним были арестованы и получили разные сроки заключения многие из тех, кто был спасен игуменом Павлом.

В послевоенные годы труды по возрождению обители легли на плечи ее настоятеля, архимандрита Пимена (Извекова) – будущего Патриарха (наместник монастыря: 1949-1953; Патриарх: 1971-1990) , а после него – архимандрита Алипия (Воронова; 1914-1975). Под руководством архимандрита Алипия были восстановлены крепостные стены обители, произведен ремонт храмов и хозяйственных построек монастыря. По его инициативе была найдена и в 1973 году возвращена в монастырь богатейшая ризница.

В монастыре существует большое подсобное хозяйство – мастерские, кузница, скотный двор, фруктовый сад, пчелиная пасека, 20 га земли занято под огороды, более 50 га занимают пастбища и покосы. Регулярно выходит «Псково-Печерский листок», с 1997 года начало выходить новое издание для детей «Колокольчик». Для духовного воспитания паствы монастырем издаются книги святоотеческого наследия. Старец Иоанн (Крестьянкин) составил сборник «Настольная книги для монашествующих и мирян», напечатаны его работы «Опыт построения исповеди», «Проповеди». В настоящее время число монахов и послушников монастыря достигает 100 человек.

В настоящее время ансамбль Псково-Печерского монастыря составляют: Успенский собор (1473-1759) с Покровской церковью (1759); Благовещенская и Сретенская церкви (около 1540 года); Никольский храм (1564 год); церковь преподобного Корнилия в Никольской башне (освящена в 1986 год); Лазаревский (больничный) храм (XVIII век); собор Архангела Михаила (1821-1827 годы); храм Собора Псково-Печерских святых на Святой горке (1990-е г.г.); пещерный храм Воскресения Христова (кон. XIX-нач.XX вв); Большая звонница (сер. XVI в.); монастырские пещеры (XV-XX вв); дом настоятеля (1883 г.); братский корпус (1820 г.); святой колодец (1880-е г.); ризница (XVIII в.); крепостные стены и башни (Никольская, Нижних решеток, Благовещенская, Изборская, Тарарыгина, Верхних решеток, Тайловская, Острожная, Петровская; на месте Брусовой башни был построен собор Архангела Михаила) (сер. XVI-кон.XVII вв).

В монастырских пещерах находятся гробницы преподобных Марка, Ионы и Вассы. В стенах пещер над захоронениями установлены керамиды. Здесь похоронены представители славных родов Суворовых, Ртищевых, Нащокиных, Бутурлиных, Мстиславских. В пещерах похоронены предки поэтов А.С.Пушкина, А.Н.Плещеева, композитора М.П.Мусоргского.

Ансамбль памятников Псково-Печерского монастыря находится под охраной государства как памятник республиканского значения (Постановление Совета Министров РСФСР № 1327 от 30 августа 1960 года).